スネ夫からエジプトのピラミッドや金銀財宝の話を聞いたのび太は、まだ見つかっていない宝物を探しに、ドラえもんと一緒にエジプトへ！
『たからさがしカウンター』で探してみると、すぐにカウンターが反応。そこには王墓が埋まっていた…！さっそく『タイムベルト』で同じ場所の紀元前千年へと向かう二人。『通りぬけフープ』で王墓の中に入ると、そこには少年が倒れていた。二人は少年を助けるため、タイムベルトで現代へ。手当てをし、『ほんやくコンニャク』を食べさせると、彼はエジプトのファラオ（王様）?ネムセス二世であることがわかる。父のネムセス一世が亡くなり、王位を譲り受けたところ、裏切り者によって、お墓に閉じ込められてしまったらしい。のび太とドラえもんは、しずかたちにも声をかけ、再び紀元前千年のエジプトへ。そこでのび太は、３つだったピラミッドが、なぜか４つに増えているのを目撃して…！？ ネムセスの国へと着くと、裏切り者のワルエヘブが、広場で自分をファラオとして崇めるよう演説していた。さらに、自在に天気を操り始めた！ 実はワルエヘブは、のび太が落としてしまった『あらかじめ日記』を手にしていたのだ…！
はたしてのび太たちは、ワルエヘブから国を取り戻し、ネムセスを救えるのか！？ 紀元前千年の古代エジプトを舞台に、のび太たちの大冒険が始まる…！