《鳳凰大視野塵封往事:民國疑案》講述民國時期暗殺不斷、懸案叠出、撲朔迷離，給那段歷史留下了許多至今仍無法破解的謎團。那是一個民族危亡的時刻，那是一個風雨縹緲的國家，此時的中國儼如酣睡的雄獅，成為世界獵人們紛紛關註的目標。你方唱罷我登場，各種勢力在中國的各個領域明爭暗鬥，似乎每一個角落都是紛紛擾擾，無有靜時。這段短暫而動蕩的歷史，給我們留下了許多無法破解的謎團。

第1集：地獄之門
汪精衛之死是一個莫大的疑案。關於他的死有數家言，都莫衷一是。他復雜多變榮辱並存的一生也同樣讓我們充滿了各種疑惑。

第2集：梟雄之死
吳佩孚是民國初期的風雲人物，他支持五四運動，和蘇俄的關系密切，而且還支持工人成立工會，後來又成為北伐的對象。可以說他的每一次個人選擇，都牽連著中國政治更叠的方向，甚至包括他的死亡。直到現在關於吳佩孚的死因都沒有一個肯定的結論。

第3集：諜海浮覺　
1946年3月17日下午四點，毛人鳳收到了李崇詩的密電，戴笠和他的專機神秘失蹤了。戴笠和他的組織制造了很多神秘，同時他們也帶走了很多疑問。連戴笠的死都變得那麽諱莫如深、撲朔迷離。

第4集：星墜南海
在抗日戰爭勝利之後，出版了一本書《隕落的晨星》，講述的是戰爭當中犧牲的那些中國文化人的故事。而其中最令人扼腕嘆息的莫過於著名文學家郁達夫，他是這場戰爭中最後一位隕落的文化名人。

第5集：遺骨迷蹤
上世紀二十年代開始，中外科學家在北京附近的周口店龍骨山上日復一日地苦苦尋找了十多年，終於震驚世界，他們發現了當時世界上最早的人類化石——北京人頭蓋骨化石。但是在1941年，日軍占領北平期間，保存在協和醫院的北京人頭蓋骨化石卻突然神秘失蹤了。此後半個世紀，它一直下落不明。直到1996年6月，中國科學院從一個日本老兵的遺言裏才得知了北京人頭蓋骨的點滴線索。

下部：鐵血恩仇一桂系軍閥往事
桂系是指以李宗仁、白崇禧為首的由廣西軍人組成的一個軍事政治團體，是國民黨內除了黃埔系以久最大的一支軍政力量。是他們首先促成北伐，讓徘徊不前的中國革命終於從起點出發；他們出兵抗日，打下了中外聞名的臺兒莊大捷；他們與蔣介石內鬥，被蔣介石視作黨內最大的勁敵。1949年，他們終於成為中華民國在大陸的最後一朝天子，也是這一年，桂系被打得煙消雲散。

第1集：
李宗仁、白崇禧、黃紹竑是桂系早期的三巨頭，他們出生在19世紀末期的中國。變亂的時代使少年時代的他們因為不同因緣進入軍校，結為知己，從此縱橫四海，成就一番驚天動地的事業。

第2集：
北伐結束後，桂系已經擁有兩湖兩廣京津等地，被蔣介石視為心腥大患。在蔣桂戰爭中，桂系失敗，桂系三巨頭逃到越南。之後由於蔣介石和汪精衛的矛盾，桂系又得以回到廣西，重組力量。這時馮玉祥和閻錫山聯手反蔣，桂系也參加進來，開始了蔣馮閻李中原大戰，這場大戰還是以蔣介石勝利而告終。

第3集：
抗戰爆發，蔣桂在民族大義的前提下又攜起手來。白崇禧被任命為副參謀總長，李宗仁被任命為第五戰區司令長官。抗戰初期，國軍在淞滬戰役中慘敗。這時，中日在臺兒莊會戰，李白兩人聯手以劣勢兵力打敗了裝備精良的日軍，取得臺兒莊大捷，蔣桂關系得到了暫時改善。

第4集：
國共內戰中國民黨的局面越來越不好，蔣介石迫於美國的壓力搞民生選舉，結果李宗仁宣布參選副總統，蔣介石多方阻撓無效，李宗仁當選。蔣介石氣憤之余把白崇禧從中央調出。在之後的淮海戰役中，白崇禧拒不接受統一指揮的命令，使國民黨軍一敗塗地。隨後，白崇禧又假借和談逼蔣下野，蔣介石無奈只好同意。

第5集：
1949年1月，三大戰役結束，共產黨已經占據著長江以北的大部分土地，國民黨則據守長江以南，國民黨以令人難以想象的速度失去了南中國的半壁江山。李宗仁在他的回憶錄裏嚴厲地批評蔣介石到處拆臺，唯恐桂系守得住地盤，寧贈朋友不予家奴，終於導致最後的失敗。蔣桂之間一邊合作一邊鬥法，終於打掉了手中僅剩的半壁江山，桂系從此煙消雲散了。