小學六年級的進藤光為了賺些零用錢，跑到爺爺家裏尋寶，偶然翻出了一個舊棋盤。接觸棋盤的一瞬間，附身於棋盤中的平安時代棋士——藤原佐為的靈魂進入了小光的體內。佐為將圍棋視為生命，在他的薰陶下，小光也逐漸對圍棋產生了興趣。
光在圍棋會所結識了棋壇名人之子——塔矢亮。為了測試佐為的實力，光貿然與亮對弈，結果小勝對手。他不知道塔矢亮的身份，誤以為佐為棋力平常，對此深為不滿。然而塔矢亮卻大受打擊，失意至極。數日後，亮再次向光挑戰，雖然他對光藐視圍棋的態度十分氣憤，但是無奈再次慘敗在佐為手下。
光應朋友之邀，前往葉瀨中學參加校慶活動。他冒充初中生加入葉瀨中學團隊參加校際圍棋賽。在團體賽的決賽中，借助佐為的力量連克強敵，結果葉瀨中學力挫名校海王中學，奪得了冠軍。可惜有人揭發小光還是個小學生，因此被大賽取消了名次。
不久後，光升入葉瀨中學，並加入了圍棋部。與此同時，塔矢亮也考入了海王中學，為了和光對局，他專程前往葉瀨中學挑戰。但是，光深知自己遠遠不是亮的對手，斷然回絕。亮得知光即將參加校際圍棋比賽後，為了與他一決高下，不惜加入海王中學圍棋部。
光發現同年級的三穀棋藝出眾，便邀請他加入圍棋部。三穀在圍棋會所與大人賭博，並且作弊騙錢。不料反被騙走1萬日元。光借助佐為的力量，幫助三穀奪回了賭金。在他的不懈努力下，三穀終於同意參加校際圍棋團體賽。亮在得知光將在團體賽中擔任葉瀨中學末將後，以退部為要脅獲得海王中學末將資格。
圍棋大賽上，三穀出任主帥，筒井、光分別擔任二將、三將。光與亮第三次交鋒，在猶豫不決中光最終決定親自與亮對弈，以瞭解自己與對手的差距。但由於水準差距懸殊，結果以慘敗告終。筒井與三穀也不敵對手，葉瀨中學在第二回合便被淘汰出局。亮對光的實力大為失望，決意參加職業棋士考試。
暑假，為了幫佐為尋找下棋對手，光學會網路圍棋並化名為sai四處挑戰。sai的高超棋藝使其名揚海外。國際業餘圍棋賽在日本舉行，選手們紛紛詢問網上神秘高手sai的真正身份，賽場一片譁然。亮之後向sai發起挑戰，卻驚奇的發現sai的手法與小光如出一轍。為了不影響比賽，亮果斷的中途投降，要求改日再戰。
職業棋士考試第一天，亮不惜放棄首戰，如約與sai展開對局。他雖全力以赴步步為營，卻無奈佐為的棋藝出神入化，結果再次告負。亮懷疑 sai的真實身份便是光，又聽說曾有人在網吧見過光，急忙趕去確認。光矢口否認自己曾在網上下棋，暗示塔矢不要追逐佐為的幻象，並正式向其發出挑戰，塔矢不屑而去。

　　光棋力日漸增強。一天，他偶遇海王中學圍棋部會長岸本，岸本的一席話驚醒了小光，使他決定參加院生考試。然而，一旦成為院生便無法參加業餘比賽，因此激起了三穀的不滿。在加賀的建議下，光以一敵三，同時與加賀、筒井、三穀對局，結果2勝1負。他告別了圍棋部，邁向新的起點。
院生考試當天，光因為心情緊張，未能發揮出理想的水準。但主考老師得知他學習圍棋不過一年時間，對其進步之快十分吃驚，並從小光以一敵三的棋譜中發現他有過人的素質，故破格給予其合格。
此時，亮已晉升為初段，他聽說光成為院生，心中再次燃起昂揚鬥志，決定遠遠將光拋在身後。與王座的比賽中，他為向光展現兩人之間的實力差距，面對強敵毫不畏懼，步步緊逼鋒芒畢露，令王座陷入苦戰。
一年一度的幼獅戰即將到來，為了能與亮再次交鋒，身為院生二組最後一名的光在三個月內經過努力晉升至一組16名，獲得了幼獅戰的參賽資格。在比賽中，光巧妙地化惡手為妙手，令對手陷入苦戰。雖然棋差一招未能出線，但他真切的感受到了自身的成長，塔矢也從殘局中發現，光的實力已經今非昔比。
參加職業棋手考試，是院生們的第一目標，伊角、和穀等人在院生中名列前茅，可免預賽參加正式考試。光由於過於緊張，在預賽前兩場比賽中連續告負，但此後狀態逐漸恢復，最後一場比賽輪空不戰而勝，以3勝2負的成績通過預賽。和谷伊角為幫助小光積累經驗，3人組隊前往各個圍棋會所挑戰，光受益匪淺。
正式考試中，光沉著應戰，戰績位居前列。決戰在積分靠前的越智、伊角、和穀和光之間展開。伊角的無意犯規，使光違心地獲得了1分。伊角情緒低落，連輸2輪，但在與越智的比賽中再度燃起鬥志並取勝。亮為瞭解光的實力，協助越智展開特訓，不料光奇兵突襲，打亂了越智的陣腳。最終，光通過了職業考試。
光沒有想到，自己首場職業比賽的對手竟是亮，不料由於塔矢名人急病臥床，亮未能參加比賽。光前往醫院探望名人，為滿足佐為的心願，他請求名人和sai在網上一決勝負。名人答應了光的挑戰，與佐為在網上展開了一場空前絕後的鏖戰。兩人棋逢對手，戰局難分高下，最後佐為棋高一著，中盤取勝，完成了夙願。
佐為發現，自己在人間的時日已經無多，他沒有告訴光，只是默默的守護著光的成長。一天，光突然發現整日與自己形影不離的佐為失去了蹤影。他四處尋找，卻沒有結果。光茫然若失，決意不再下棋。伊角從中國棋院回到日本，前來探望光，他再三要求與光對局，終於打動了光。手執棋子的刹那光不禁淚如泉湧，他突然明白了，原來佐為早已融入了自己的棋中。
光回到闊別數月的職業棋壇，再次與亮交鋒。這一戰雖然告負，但亮從光的身上，清楚地看見了佐為的身影。兩位天才少年終於冰釋前嫌，結為畢生的競爭對手。